固相萃取的一般操作程序如下
1、預處理活化：

用適當?shù)娜芤簩滔噍腿≈M行預處理活化，可以展開碳氫鏈，增加和目標分析物作用的表面積，可以除去柱上吸附的對分析有影響的雜質，保證良好的萃取再現(xiàn)性，同時注意在上樣前預處理好的固相柱必須保持濕潤。

2、上樣：

將樣品加于固相萃取柱中，用正壓或負壓使樣品通過柱子，控制好樣品的流速，對于生物樣品，一般控制在1.5 ml/min。對于以離子交換為作用機理的萃取，樣品通過固相萃取柱的速度應該適當?shù)慕档?，以保證分析物有足夠的時間與SPE柱填料的離子交換功能團發(fā)生充分的作用。

3、淋洗：

用適當?shù)那逑慈軇┻x擇性地洗掉附著力弱的雜質而保留目標分析物于固相萃取柱上。清洗溶劑的選擇取決于最后的分析手段。

4、干燥：

如最后的清洗溶劑為緩沖溶液或水溶性有機溶劑，而分析手段為反相HPLC，固相柱上的殘留水對分析影響不大。但是，當洗脫劑為非水溶性有機溶劑或分析手段又為GC或GC-MS時，固相柱的干燥就顯得特別重要。

5、目標分析物洗脫：

選擇洗脫溶劑時必須考慮有足夠強度的洗脫劑，要以最小用量的洗脫劑將盡可能多的目標分析物洗脫下來；同時還要兼顧洗脫劑必須有足夠的選擇性，選擇只將目標分析物洗脫，而吸附力強的雜質保留在柱上。